Zotero + Codex：打造智能学术工作流完整教程

这篇教程把 Zotero 官方文档、OpenAI Codex 官方文档、Better BibTeX 项目文档和几个 Zotero MCP 社区项目清洗成一条可执行路线。核心思路不是让 AI 替你读论文、替你做学术判断，而是让 Zotero 管好“可追溯的文献事实”，让 Codex 处理“可审查的工程和文本工作”。

结论

最稳的路线是：Zotero 做唯一文献库，Better BibTeX 导出稳定 citation key，Markdown/CSV 承接笔记和综述矩阵，Codex 在项目文件夹里辅助整理、对比、写脚本、生成检查清单。

如果你已经熟悉 MCP，可以再把 Zotero 接成 Codex 的外部上下文源。但对大多数人来说，第一版不需要直接打通数据库。先把“文献条目干净、引用键稳定、笔记可读、项目文件可版本管理”跑通，收益最大，也最不容易翻车。

资料清洗说明

我没有把“AI 直接替你写完整论文”作为推荐路线。原因很简单：论文写作的风险不在能不能生成文字，而在证据是否准确、引用是否可追溯、方法是否可复现、结论是否由你负责。

先分清三层

这套工作流里有三层。

第一层是 Zotero。它负责保存文献条目、PDF、批注、标签、集合、引用格式和参考文献。Zotero 里的条目是事实来源，不要让多个工具各自维护一份“差不多”的文献表。

第二层是 项目文件夹。它负责承接可以被版本管理、可以被 Codex 阅读、可以被你审查的材料，例如 library.bib、literature-matrix.csv、论文笔记、实验日志、草稿和复现代码。

第三层是 Codex。它负责帮你读项目文件、整理矩阵、生成脚本、检查引用、拆解复现任务、写摘要草稿、发现逻辑缺口。Codex 不是文献库本身，也不应该成为唯一事实来源。

推荐路线可以写成：

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Zotero 收集和校正文献
-> Better BibTeX 导出稳定 citation key
-> 项目文件夹保存 bib、笔记、矩阵、草稿、代码
-> Codex 在项目中做整理、复现、检查和写作辅助
-> 最终引用回到 Zotero / BibTeX / Word 插件 / Pandoc 链路验证

适合谁

这套流程适合：

• 研究生、科研训练学生、课程论文作者；
• 需要长期积累英文论文和中文文献的人；
• 想做综述、开题、复现、实验对比、论文草稿的人；
• 已经会基本使用 Zotero，但笔记、引用和 AI 协作比较混乱的人；
• 用 Codex 做科研工程整理、代码复现、数据处理脚本和写作检查的人。

如果你只是偶尔写一篇课程论文，不写 LaTeX、不写 Markdown、不做复现，最低配只需要 Zotero + Word 插件 + 少量人工笔记。不要为了“智能工作流”给自己增加一堆维护负担。

最小可用工作流

第一版只做五件事：

1. Zotero 中每篇文献的元数据要干净。
2. 每篇重要文献有一个稳定 citation key。
3. 每个论文项目有一个独立文件夹。
4. 项目文件夹里有文献矩阵、笔记、草稿和引用库。
5. Codex 每次工作都基于这些可审查文件，而不是凭空聊天。

推荐目录：

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my-paper-project/
  README.md
  AGENTS.md
  references/
    library.bib
    selected-papers.md
  literature/
    matrix.csv
    notes/
      2024-smith-rag-evaluation.md
      2025-chen-agent-memory.md
  drafts/
    outline.md
    related-work.md
  experiments/
    README.md
  prompts/
    codex-literature-review.md

README.md 写这个项目研究什么，当前阶段是什么。AGENTS.md 写 Codex 在这个项目里必须遵守的规则。library.bib 来自 Zotero 或 Better BibTeX。matrix.csv 是文献矩阵。notes/ 是每篇论文的读书卡片。drafts/ 是你和 Codex 协作生成但必须人工审查的草稿。

1. 准备 Zotero 文献库

这一步在做什么：把 Zotero 变成你的唯一文献事实源。

为什么需要：Codex 可以整理文本，但它不能替你保证文献条目一定准确。标题、作者、年份、期刊、DOI、页码、会议名、中文作者顺序，这些必须先在 Zotero 里校正。

在哪里操作：Zotero 桌面端。

具体操作：

1. 用 Zotero Connector 抓取论文。
2. 对重要论文手动检查标题、作者、年份、DOI、期刊/会议。
3. 把 PDF 作为条目的附件，不要让 PDF 长期作为独立文件漂在库里。
4. 建立项目集合，例如 Thesis / Related Work / RAG Evaluation。
5. 建立简单标签，例如 todo、reading、read、core、method、baseline、dataset。

成功后应该看到什么：

• 每篇重要论文在 Zotero 中都有父条目；
• PDF 挂在正确父条目下；
• 条目字段不是乱码；
• 你能用集合和标签快速找回论文。

如果你看到同一篇论文出现两个条目，先用 Zotero 的重复检测合并或手动保留字段更完整的一条。不要让重复条目同时进入后续 BibTeX 导出，否则 citation key 和参考文献都会变乱。

2. 安装 Better BibTeX

这一步在做什么：给 Zotero 增加更稳定的 BibTeX/BibLaTeX 导出和 citation key 管理。

为什么需要：Zotero 原生也能导出 BibTeX，但 Better BibTeX 更适合 LaTeX、Markdown、Pandoc、Quarto、Obsidian 和代码项目里的纯文本写作。它能生成更稳定的 citation key，并支持自动导出。

在哪里操作：Zotero 桌面端和浏览器。

具体操作：

1. 打开 Better BibTeX Installation。
2. 下载 latest release 的 .xpi 文件。
3. 如果用 Firefox 下载，右键另存为，不要直接点开安装到 Firefox。
4. 打开 Zotero。
5. 进入 Tools -> Plugins。
6. 点击齿轮，选择 Install Plugin From File...。
7. 选择 .xpi，安装并重启 Zotero。

成功后应该看到什么：

• Zotero 插件列表里出现 Better BibTeX；
• Zotero 设置中出现 Better BibTeX 面板；
• 条目列表可以显示 citation key；
• 右键导出时能看到 Better BibTeX 或 Better BibLaTeX 格式。

如果你看到 .xpi 安装失败，先确认它没有被浏览器改名、解压或下载不完整。Better BibTeX 是 Zotero 插件，不是 Firefox 插件。

3. 设置 citation key

这一步在做什么：让每篇文献有一个稳定、可读、可引用的 ID。

为什么需要：在 Markdown、LaTeX、Pandoc 或 Codex 生成的草稿中，你会看到 [@smithRetrievalAugmentedGeneration2024] 这种引用。这个 key 必须稳定，否则草稿和文献库会对不上。

在哪里操作：Zotero 设置里的 Better BibTeX。

推荐原则：

• citation key 不要太短，否则容易冲突；
• 不要频繁改变 key 生成规则；
• 已经写进草稿的 key，不要随便刷新；
• 对核心文献可以手动 pin key；
• 中文文献可以手动设一个清楚的英文 key。

一个适合新手的命名思路：

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作者姓氏 + 标题关键词 + 年份

例如：

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smithRagEvaluationSurvey2024
chenAgentMemoryBenchmark2025
wangChineseAcademicWriting2023

成功后应该看到什么：

• 每篇核心文献在 Zotero 里能看到 citation key；
• 把条目拖到 Markdown 编辑器时，可以得到类似 [@citekey] 的引用；
• 同一项目中没有重复 key。

如果你看到 Codex 在草稿里编了一个不存在的 [@fake2024]，不要手工猜。回到 library.bib 搜索 key 是否存在。不存在就让 Codex 修正为真实 key，或者把这句话改成不带引用的待核查陈述。

4. 导出项目级 library.bib

这一步在做什么：把 Zotero 中与当前项目相关的文献导出到项目文件夹。

为什么需要：Codex 擅长读取本地项目文件。让它直接读 references/library.bib，比让它在聊天里记住几十篇论文可靠得多。

在哪里操作：Zotero 和你的论文项目文件夹。

推荐做法：

1. 在 Zotero 中选中当前项目集合。
2. 右键集合，选择导出。
3. 格式选择 Better BibLaTeX 或 Better BibTeX。
4. 如果你写 LaTeX 或 Quarto，优先 Better BibLaTeX。
5. 如果你的工具只认 BibTeX，就用 Better BibTeX。
6. 保存到项目的 references/library.bib。
7. 如果 Better BibTeX 提供 Keep updated 或自动导出选项，可以打开。

成功后应该看到什么：

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my-paper-project/references/library.bib

文件里有类似：

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@article{smithRagEvaluationSurvey2024,
  title = {Retrieval-Augmented Generation Evaluation Survey},
  author = {Smith, Jane and Lee, Kai},
  year = {2024}
}

如果你看到 library.bib 为空，检查导出的集合是否真的包含条目。很多人导错到空集合，或者只选中了一个附件而不是父条目。

5. 建立文献矩阵

这一步在做什么：把“读过很多论文”变成“可以比较和写综述的结构化表格”。

为什么需要：综述不是论文摘要的堆叠，而是问题、方法、数据、指标、结论和局限的比较。Codex 可以帮你整理矩阵，但矩阵字段要你先定义。

在哪里操作：项目文件夹，建议用 CSV 或 Markdown 表格。

新建 literature/matrix.csv：

citekey,title,year,problem,method,data,metric,key_finding,limitation,use_in_my_work,status
smithRagEvaluationSurvey2024,Retrieval-Augmented Generation Evaluation Survey,2024,RAG evaluation,survey,multiple,N/A,Groups metrics by retrieval and generation stages,Lacks unified benchmark,Background and taxonomy,read

字段解释：

• citekey：和 Zotero / Better BibTeX 对齐；
• problem：论文解决什么问题；
• method：方法是什么；
• data：用什么数据；
• metric：怎么评价；
• key_finding：最重要结论；
• limitation：作者承认或你发现的限制；
• use_in_my_work：你准备在自己的论文里怎么用；
• status：待读、在读、已读、核心引用、暂不引用。

成功后应该看到什么：

• 每一行对应一篇真实文献；
• 每一行都有真实 citation key；
• Codex 可以根据这个表生成主题聚类、差异对比和综述段落草稿。

如果矩阵字段太多，先删掉。初期字段越少，越容易坚持。矩阵不是为了好看，而是为了写作时能快速回答“哪篇论文支持这句话”。

6. 建立单篇论文笔记模板

这一步在做什么：给每篇核心论文建立一张可以被 Codex 阅读的读书卡片。

为什么需要：Zotero 批注适合阅读现场，项目里的 Markdown 笔记适合写作和复现。两者不是替代关系。

在哪里操作：项目文件夹的 literature/notes/。

模板：

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# @smithRagEvaluationSurvey2024

## 基本信息

- 标题：
- 年份：
- 类型：survey / method / benchmark / dataset / theory / application
- Zotero citation key：
- PDF 位置：Zotero

## 这篇论文解决什么问题

用自己的话写 3-5 句话。

## 方法或框架

- 核心假设：
- 关键步骤：
- 和已有方法的区别：

## 实验或证据

- 数据集：
- 指标：
- 主要结果：
- 作者承认的局限：

## 我准备怎么用

- 背景引用：
- 方法对比：
- 实验设置参考：
- 反例或局限讨论：

## 待核查

- [ ] 需要回原文确认的页码或表格
- [ ] 需要补充的相关工作

成功后应该看到什么：

• 你能不用打开 PDF，就知道这篇论文在你项目中的作用；
• Codex 能根据笔记生成综述矩阵、对比表和待办清单；
• 每个判断都能回到原文或 Zotero 条目。

不要把 PDF 全文直接粘进笔记。长文本会让项目混乱，也会增加隐私和版权风险。笔记应该是你读过后的结构化摘录和判断。

7. 写一个科研项目 AGENTS.md

这一步在做什么：告诉 Codex 在这个学术项目中必须如何工作。

为什么需要：OpenAI 的 Codex 文档把 AGENTS.md 定位为持久项目指导。科研项目尤其需要约束，因为 AI 很容易把不确定的内容写成确定结论，把不存在的引用写进草稿。

在哪里操作：项目根目录。

示例：

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# AGENTS.md

## 项目规则

- 所有文献引用必须来自 `references/library.bib` 或 `literature/matrix.csv`。
- 不要编造 citation key、DOI、作者、年份、实验结果或页码。
- 如果证据不足，用“待核查”标记，不要写成确定结论。
- 修改草稿前先说明会改哪些文件。
- 综述段落必须保留 citation key，例如 `[@smithRagEvaluationSurvey2024]`。
- 复现代码和实验脚本要放在 `experiments/`，不要混进 `literature/`。
- 任何涉及 API key、未发表论文、课题组内部数据的内容，都不要写进公开文件。

## 常用验证

- 检查引用是否存在：搜索 `references/library.bib`。
- 检查矩阵字段是否完整：查看 `literature/matrix.csv`。
- 检查草稿中的待核查内容：搜索 `待核查`。

成功后应该看到什么：

• 每次在这个项目中启动 Codex，它都能看到你的工作规则；
• Codex 输出会更少凭空发挥；
• 你不需要在每次聊天里重复“不要编引用”。

8. 让 Codex 做文献整理

这一步在做什么：让 Codex 基于真实文件整理文献，而不是让它凭记忆回答。

为什么需要：学术工作流里，最重要的是可追溯。Codex 读项目文件后可以帮你处理大量重复整理工作，但你仍然要审查结论。

在哪里运行：项目根目录。可以用 Codex App、IDE 扩展或 CLI。

如果用 CLI，先确认安装：

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codex --version

如果没有安装，OpenAI 官方 Quickstart 给出的安装方式包括独立安装器、npm 和 Homebrew。安装后在项目根目录运行：

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codex

给 Codex 的第一个任务不要太大：

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请先阅读 README.md、AGENTS.md、references/library.bib 和 literature/matrix.csv，不要修改文件。

请输出：
1. 这个项目的研究主题；
2. 目前文献矩阵覆盖了哪些问题；
3. 哪些字段缺失最多；
4. 哪些 citation key 可能没有在 library.bib 中出现；
5. 下一步最小整理任务。

成功后应该看到什么：

• Codex 能指出真实文件里的内容；
• 它不会直接生成一整篇综述；
• 它会先给你文献矩阵和引用库的健康状况。

如果 Codex 没有读文件就开始泛泛而谈，直接打断，让它列出它实际读取过的文件名和关键字段。

9. 让 Codex 生成综述草稿

这一步在做什么：基于矩阵和笔记生成“可审查”的综述段落。

为什么需要：AI 可以帮你把表格转成自然语言，但它不能替你决定哪些结论成立。草稿要保留 citation key，方便回查。

在哪里运行：项目根目录。

推荐 Prompt：

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请基于 `literature/matrix.csv` 和 `literature/notes/` 写一个 related work 初稿。

要求：
1. 只使用已有 citation key，不要创造新引用。
2. 每个实质性判断后保留 citation key。
3. 按主题组织，不要按论文逐篇罗列。
4. 对证据不足的地方写“待核查：...”。
5. 输出到 `drafts/related-work.md`。
6. 写完后列出你认为需要我回原文确认的 5 个点。

成功后应该看到什么：

• drafts/related-work.md 被创建或更新；
• 段落里有 [@citekey]；
• 没有凭空出现的作者、年份、DOI；
• 文末有待核查清单。

审查时看三件事：

1. 引用是否真实存在；
2. 论文之间的关系是否被正确表述；
3. 是否把“作者声称”“实验显示”“本文推测”混成了一种确定语气。

10. 让 Codex 辅助科研复现

这一步在做什么：把论文复现从“看 README 硬猜”变成“结构化探索、环境准备、脚本验证”。

为什么需要：科研复现常常卡在依赖、数据路径、运行命令、随机种子、指标复算和日志整理。Codex 很适合处理这些工程问题。

在哪里运行：复现代码仓库或当前项目的 experiments/。

推荐 Prompt：

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请先阅读 `experiments/`、论文笔记和 README，不要修改文件。

目标：复现 @smithRagEvaluationSurvey2024 中与 RAG evaluation 相关的实验设置。

请输出：
1. 当前目录里有哪些代码、数据和配置；
2. 还缺哪些数据或依赖；
3. 最小可运行实验是什么；
4. 需要我确认的学术问题是什么；
5. 验证成功应该看到什么日志、文件或指标。

限制：
- 不要下载大文件，除非我确认。
- 不要删除已有实验结果。
- 不要把 API key 写进仓库。
- 不要把论文结论改写成复现结论，除非实验真的跑通。

成功后应该看到什么：

• Codex 先给计划，而不是直接改一堆文件；
• 实验命令、依赖、数据路径被列清楚；
• 验证方式明确；
• 学术判断和工程判断分开。

11. 可选：用 Zotero MCP 连接 Codex

这一步在做什么：让 Codex 通过 MCP server 访问 Zotero 中的文献元数据、全文或笔记。

为什么需要：当你的文献库很大，且不想频繁导出文件时，MCP 可以把 Zotero 变成一个外部上下文源。OpenAI Codex 文档说明，MCP 是把 Codex 连接到外部工具和上下文提供者的标准方式；Codex 支持本地 STDIO server 和 Streamable HTTP server。

适合谁：

• 已经会配置 Codex ~/.codex/config.toml；
• 知道 API key、环境变量和本地服务的风险；
• 能判断第三方 GitHub 项目是否可信；
• 愿意先用小集合测试，不把未发表材料直接交给不熟悉的服务。

不适合谁：

• 刚开始用 Zotero；
• 不熟悉命令行；
• 文献库里有大量未公开论文、内部资料或敏感数据；
• 只是想写一篇课程论文。

方案 A：先用 Local API

优点：不需要 Zotero Web API key，响应通常更快，资料留在本机。

限制：Zotero 桌面端需要打开，并且要启用本地 API；具体能力取决于你选的 MCP server。

以 kujenga/zotero-mcp 为例，它的 README 说明可以通过 Zotero Local API 或 Web API 工作，并提供搜索条目、获取元数据、获取全文等工具。你可以把它理解成“一个第三方 Zotero 适配器”，不是 Zotero 官方功能。

Local API 的开关在 Zotero 里：打开 Zotero Settings，进入 Advanced，勾选允许本机其他应用与 Zotero 通信。该项目 README 还提醒，某些全文读取端点可能依赖 Zotero 的版本状态；如果你不想处理这些兼容细节，就先用导出文件路线，或者改走 Web API。

Codex 侧 MCP 配置形态大致是：

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codex mcp add zotero --env ZOTERO_LOCAL=true -- uvx --upgrade zotero-mcp

或者写进 ~/.codex/config.toml：

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[mcp_servers.zotero]
command = "uvx"
args = ["--upgrade", "zotero-mcp"]
env = { ZOTERO_LOCAL = "true" }

成功后应该看到什么：

• 在 Codex TUI 中运行 /mcp 能看到 zotero；
• 让 Codex 搜索 Zotero 条目时能返回真实条目；
• 关闭 Zotero 后，本地 API 路线可能不可用。

方案 B：用 Zotero Web API

优点：不一定依赖本机 Zotero 打开，适合远程环境或服务器。

限制：需要 Zotero API key 和 library ID。不要把 key 写进仓库、博客、截图或聊天记录。

配置形态大致是：

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[mcp_servers.zotero]
command = "uvx"
args = ["--upgrade", "zotero-mcp"]
env_vars = ["ZOTERO_API_KEY", "ZOTERO_LIBRARY_ID"]

然后在本机 shell 环境里设置环境变量。不要把真实值提交到 Git。

不推荐新手直连 SQLite

有些社区项目支持绕过 API，直接读取 Zotero 的 SQLite 数据库。这个思路很强，但风险也更高。Zotero 官方 JavaScript API 文档也提到，直接访问本地 SQLite 数据库更脆弱。社区项目通常也会提醒，SQLite 路线可能需要完全关闭 Zotero，因为数据库会被锁定。

除非你知道自己在做什么，否则不要把“直连 Zotero 数据库”当作第一选择。

12. Word、Markdown、LaTeX 怎么选

如果你写 Word：

• 正式引用和参考文献优先用 Zotero Word 插件；
• Codex 可以帮你写段落草稿，但最后在 Word 里插引用；
• 不要手改 Word 自动生成的参考文献表；
• 条目错误回 Zotero 修，再刷新文档。

如果你写 Markdown：

• 用 Better BibTeX citation key；
• 草稿中保留 [@citekey]；
• 后续用 Pandoc、Quarto 或其他工具生成文档；
• Codex 可以检查草稿里哪些 key 不在 library.bib 中。

如果你写 LaTeX：

• 用 Better BibLaTeX 或 Better BibTeX；
• 引用用 \cite{citekey} 或你的模板要求；
• Codex 可以帮你整理 .tex 结构、修编译错误、检查未引用文献；
• 但不要让它自动改 citation key，除非你明确同意。

如果你还没决定，建议先用 Markdown + library.bib。它比 Word 更适合 Codex 读写，也比 LaTeX 更轻。最终投稿需要 Word 或 LaTeX 时，再迁移格式。

13. 常见错误与解决

Codex 编造了不存在的引用

先搜索 references/library.bib。如果 key 不存在，就让 Codex 只从真实 key 中选择。可以把要求写进 AGENTS.md：

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不要编造 citation key。所有引用必须能在 references/library.bib 中找到。

综述变成逐篇摘要堆叠

说明矩阵缺少“主题”和“差异”字段。让 Codex 先按问题、方法、数据集、指标分组，再写段落。不要直接要求“写 related work”。

Better BibTeX 自动导出没有更新

先手动导出一次，确认路径正确。再检查是否勾选了自动更新。还不行就重启 Zotero，并确认导出的是项目集合，不是空集合。

citation key 改了，草稿全乱了

不要频繁改 key 规则。核心文献可以 pin key。已经写进草稿的 key，改之前先全局搜索影响范围。

Zotero 数据库损坏或同步异常

检查你是否把 Zotero 数据目录放进了 Dropbox、Google Drive、OneDrive、iCloud Drive 等云盘文件夹。Zotero 官方知识库明确不建议这么做。正确做法是数据目录留在默认位置，用 Zotero Sync、Zotero Storage、WebDAV 或经过验证的附件同步方案。

MCP 配好后 Codex 看不到 Zotero

先分层排查：

1. codex mcp list 或 /mcp 是否能看到 server；
2. server 启动命令是否在当前机器可执行；
3. uvx、docker 或 Python 环境是否存在；
4. Local API 路线下 Zotero 是否正在运行；
5. Web API 路线下环境变量是否设置；
6. API key 是否有足够权限；
7. MCP server 日志里是否有启动失败信息。

不要一上来怀疑 Codex。MCP 问题通常是命令路径、环境变量、权限或服务启动失败。

Codex 读了太多不相关文件

在 AGENTS.md 里写清楚优先读哪些文件：

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做文献任务时优先读取：
1. literature/matrix.csv
2. literature/notes/
3. references/library.bib
4. drafts/

同时把 PDF、大数据、旧草稿、临时导出放到 Codex 不需要频繁读取的目录里。

14. 每周维护流程

每周花 30 分钟维护，比月底崩溃式整理更轻松。

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周一：导入新论文，校正 Zotero 元数据
周二：读 2-3 篇核心论文，写 Markdown 卡片
周三：更新 literature/matrix.csv
周四：让 Codex 生成差异对比和待核查清单
周五：人工回原文核查，更新 drafts/related-work.md
周末：备份 Zotero，提交项目文件夹 Git commit

提交 Git 时不要提交：

• API key；
• 未授权传播的 PDF；
• 课题组内部数据；
• 含个人隐私的原始访谈或实验数据；
• Zotero 数据库文件。

可以提交：

• library.bib；
• 自己写的文献矩阵；
• 自己写的读书笔记；
• 草稿；
• 复现脚本；
• AGENTS.md 和项目说明。

15. 可直接交给 Codex 的 Prompt

文献库健康检查

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请基于当前项目完成一次文献库健康检查。

请读取：
- references/library.bib
- literature/matrix.csv
- literature/notes/
- drafts/

任务：
1. 找出 matrix.csv 中存在但 library.bib 中不存在的 citekey。
2. 找出 drafts/ 中出现但 library.bib 中不存在的 citekey。
3. 找出 matrix.csv 中字段缺失最多的 10 篇文献。
4. 按主题把现有文献分成 3-6 组。
5. 输出一个最小修复清单，不要修改文件。

限制：
- 不要编造文献。
- 不要根据常识补 DOI、作者、年份。
- 不确定的地方标记为“待核查”。

单篇论文卡片生成

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请根据我提供的论文笔记和 Zotero 条目，生成一张 Markdown 读书卡片。

输入：
- citation key: [填入真实 key]
- Zotero 元数据或 bib 条目: [粘贴]
- 我摘录的要点: [粘贴]

输出到：
literature/notes/[year-author-keyword].md

要求：
1. 不要添加输入中没有的实验结果。
2. 区分“作者声称”“实验显示”“我的理解”。
3. 保留待核查清单。
4. 最后给出这篇论文可能放进综述的哪个主题。

主题综述草稿

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请基于 literature/matrix.csv 和 literature/notes/ 写一段主题综述草稿。

主题：[填入主题，例如 RAG evaluation metrics]

要求：
1. 按问题和方法组织，不要逐篇摘要。
2. 每个关键判断后保留 citation key。
3. 只使用 library.bib 中存在的引用。
4. 对结论不充分的地方写“待核查”。
5. 输出到 drafts/related-work.md 的对应小节。
6. 写完后列出 5 个需要我回原文确认的问题。

复现计划

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请为当前项目制定最小科研复现计划。

目标论文：
- citation key: [填入]
- 论文主题: [填入]

请读取：
- literature/notes/
- references/library.bib
- experiments/
- README.md

请输出：
1. 论文中哪些部分可复现，哪些只是理论或综述。
2. 最小可运行实验需要哪些数据、依赖和命令。
3. 当前项目已经具备什么，还缺什么。
4. 风险点：版本、数据、GPU、随机种子、指标、版权。
5. 第一阶段只做什么，不做什么。

限制：
- 不要下载数据。
- 不要删除已有结果。
- 不要把 API key 写入文件。
- 不要把未跑通的结果写成结论。

引用审查

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请审查 drafts/related-work.md 中的引用。

要求：
1. 列出所有 citation key。
2. 检查每个 key 是否存在于 references/library.bib。
3. 找出连续 2 段以上没有引用的论述。
4. 找出看起来像强结论但证据不足的句子。
5. 不要直接改正文，先给审查报告。

推荐学习路线

第一周只学 Zotero 基础：抓取、校正元数据、集合、标签、PDF 批注、Word 插件或 Quick Copy。

第二周加入 Better BibTeX：citation key、项目级 library.bib、Markdown 引用、自动导出。

第三周建立项目文件夹：README.md、AGENTS.md、matrix.csv、notes/、drafts/。

第四周开始用 Codex：先健康检查，再生成读书卡片，再写主题综述草稿，最后辅助复现。

第五周以后再考虑 MCP。只有当你确认导出文件路线已经稳定、且确实需要动态查询 Zotero 库时，再接 Zotero MCP。

最后提醒

智能学术工作流的关键不是“AI 生成更多文字”，而是“每一句话都能追溯到可靠来源，每一个实验步骤都能复现，每一次自动化都能被你审查”。

Zotero 负责让文献事实稳定，Codex 负责让整理和工程动作更快。把两者边界分清楚，你会得到一个很顺手的科研助手；边界混在一起，就会得到一堆看似高级、实则难以信任的草稿。

参考来源

• Zotero Web API v3
• Zotero Web API Basics
• Zotero JavaScript API
• Zotero Creating Bibliographies
• Can I store my Zotero data directory in a cloud storage folder?
• Codex Quickstart - OpenAI Developers
• Codex Customization - OpenAI Developers
• Custom instructions with AGENTS.md - OpenAI Developers
• Model Context Protocol - Codex
• Better BibTeX Installation
• Better BibTeX Citation Keys
• Better BibTeX Exporting
• kujenga/zotero-mcp
• swairshah/zotero-mcp-server

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